El 14 de septiembre de 2000 fue el lanzamiento de "Windows Me" que incluía la última versión del Microsoft MS-DOS, la versión 8.0.
Desde el lanzamiento de Windows 95 hasta Windows NT, MS-DOS se agregó como un producto completo utilizado para el arranque, para solucionar problemas y tener compatibilidad con antiguos juegos DOS.
El MS-DOS aunque se lanzaba como un producto completo no fue considerado como un producto independiente.
Las únicas versiones de MS-DOS actualmente reconocidas como sistemas operativos independientes por Microsoft son MS-DOS 6.0 y MS-DOS 6.22, los cuales quedan disponibles para su descarga a través de la MSDN, licencia por volumen, y sitios web asociados.
MS-DOS todavía se utiliza en los sistemas integrados x86 debido a su sencilla arquitectura y el mínimo de memoria y procesador.
En Windows Me, los archivos del MS-DOS como el controlador para el soporte de CD-ROM fueron suprimidos del disco de arranque y los archivos de inicio (AUTOEXEC.BAT y CONFIG.SYS) ya no tenía contenido.
Windows XP contiene una copia del disco de arranque de Windows Me, pero solo funciona como disco de arranque. Esto sólo se puede acceder por el formato de disco como "disco de inicio de MS-DOS".
En Windows NT, el intérprete de línea de comandos "cmd.exe" mantiene la mayor parte de los mismos comandos y algunos de compatibilidad con archivos de proceso por lotes de DOS.
El 14 de septiembre de 2007 en Japón se lanzó SELENE, una sonda japonesa que tenía como objetivo estudiar la Luna.
Su nombre es el acrónimo de SELenological and ENgineering Explorer y también es conocida como Kaguya, nombre escogido por votación popular por ser la princesa Kaguya uno de los personajes del Cuento del bambú cortado.
La sonda estaba bajo el control de la agencia espacial japonesa JAXA. Estaba previsto que despegara el 16 de agosto de 2007 a bordo de un cohete H-IIA, pero debido a un problema con los condensadores finalmente despegó el 14 de septiembre.
SELENE constaba de un orbitador principal y dos auxiliares; éstos fueron inicialmente llamados Relay Sat y VRAD Sat y, tras haber sido colocados en sus órbitas de trabajo, fueron rebautizados respectivamente como Okina (hombre mayor honorable) y Ouna (mujer mayor honorable).
SELENE se situó en su órbita de trabajo el 19 de octubre de 2007 y su misión, hasta su impacto controlado en la superficie lunar el 10 de junio de 2009,3 duró 1 año y 8 meses.